• 1. 四川大学华西医院神经内科(成都  610041);
  • 2. 四川大学华西公共卫生学院/华西第四医院老年医学/神经内科(成都  610041);
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目的 采用生物信息学方法分析帕金森病(Parkinson disease,PD)患者额叶组织的基因表达谱,来探索 PD 抑郁相关的机制。方法 从 Gene Expression Omnibus(GEO)数据库中使用“Parkinson disease”进行检索,并限定组织来源为人类(Homo sapiens)及检测方法为表达谱芯片(Expression profiling by array),获取 2019 年 3 月 20 日前 GEO 数据库中的所有生物信息数据。使用 ImaGEO(Integrative Gene Expression Meta-Analysis from GEO database)、DAVID(the Database for Annotation, Visualization and Integrated Discovery)、STRING 在线工具及 Cytoscape 3.6.1 软件进行数据分析。结果 根据检索条件,获得了 2 个数据集,共 45 个样本(PD 组 24 个,健康对照组 21 个)。与健康对照组相比,PD 组的额叶中总共有 236 个基因表达存在差异,其中 146 个基因表达水平增高,90 个基因表达水平下降。根据基因本体论分析及京都基因和基因组数据库分析,该差异基因主要富集在突触后膜、细胞膜成分、突触后膜密集区、髓鞘等结构。差异基因参与了和 PD 发生有关的多巴胺能、谷氨酸能及 γ-氨基丁酸能等神经突触的生物过程、抑郁的发生过程和多条信号通路(如:丝裂原激活蛋白激酶信号通路、p53 信号通路及 Wnt 信号通路);其中关键蛋白是 NFKBIA、NRXN1 和 RPL35A。结论 PD 患者额叶的基因表达与 PD 抑郁发生有关。该研究为进一步理解 PD 抑郁的发病机制提供了理论依据。

引用本文: 吴欣桐, 洪培伟. 基于信息学分析的帕金森病额叶基因表达谱研究. 华西医学, 2019, 34(10): 1117-1125. doi: 10.7507/1002-0179.201904201 复制

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